技术分享基因干扰研究工具下

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背景介绍

RNA干扰(RNAinterference,RNAi)是指一种分子生物学上由双链RNA诱发的基因沉默现象,其机制是通过阻碍特定基因的转录或翻译来抑制基因表达。

由于RNAi具有高度的序列专一性,可以特异地沉默基因,从而获得基因功能丧失或基因表达量的降低。

(图片来源:RNATherapeuticsInstitute)

上篇为大家介绍了siRNA、shRNA两种常用的基因干扰工具,详情可点击基因干扰研究工具(上)查看,今天就继续为大家介绍基因干扰相关的特色服务,一起往下看吧~

组织特异性干扰:miR30-shRNA

表达shRNA常用的polⅢ型启动子有U6和H1,由于构建序列较短,shRNA能够轻易的插入病毒载体,但是想实现特定组织中的基因沉默,少不了组织特异性启动子的助力,然而U6和H1并不具有组织特异性。

基于miRNA骨架的shRNA干扰载体,采用了polII型启动子(包括多种组织特异性启动子)驱动,从而实现特定组织中的基因沉默。目前用于干扰作用的miRNA骨架(如miR30、miR、miR17-92等)中,最常用的就是miR30结构。

载体优势

01

启动子选择性多

基于mir30的shRNA可以通过RNA聚合酶II启动子转录,包括CMV、CAG、诱导型启动子和组织特异性启动子等,尤其是组织特异性启动子,在这类启动子的作用下,利用miR30结构实现的基因敲低往往只限于某些特定的组织或器官,同时表现出发育调节等特性。

02

多个shRNA共表达

RNA聚合酶II能够有效转录长RNA,因此可以通过多顺反子结构将多个shRNA构建至同一个启动子下,缩减载体长度的同时可以实现对多个基因的RNA干扰。

03

报告基因共表达

通过多顺反子结构将shRNA与报告基因在同一启动子下表达,能更精确地监测shRNA的转录水平。

04

作用稳定且高效

基于miR30结构的shRNA不太容易通过干扰内源性miRNA途径引起细胞毒性;miR30的天然环状结构能确保精确的Dicer切割并减少脱靶效应。

吉满生物可提供多种特异性启动子,能够实现不同组织/细胞的特异性表达。可以将选定启动子和shRNA序列构建至mir30-shRNA载体上,并能提供序列筛选服务,助力筛选出干扰效果更好的shRNA(mir-30),此外,还可进行后续慢病毒、腺相关病毒的包装,实现组织特异性基因沉默!

Tet-On诱导性干扰

Tet调控表达系统通过诱导药物(如四环素和强力霉素等)改变调控蛋白的构象,从而达到调控目标蛋白表达的目的。TetR(Tet阻遏蛋白,Tetrepressorprotein)与TetO(Tet操纵子,Tetoperator),能够特异性结合。

当无诱导药物存在时,TetR会与TetO结合,从而阻断下游耐药基因的表达;当有诱导药物存在时,TetR的构象会发生改变,并从TetO上脱离下来,使下游耐药基因得以表达。

Tet-on系统组成

Tet-on原理

rtTA是由tTA突变4个氨基酸形成,它的表型与tTA相反。生理条件下,rtTA与TRE不结合,由于PminCMV缺少增强子,因此目的基因不表达;

给于DOX后,DOX与rtTA的结合体与TRE结合,从而启动基因表达。

吉满生物提供tet-on干扰慢病毒包装以及细胞株构建服务。

CRISPRi(基因抑制/沉默)

CRISPRi(CRISPRInterference)系统是在CRISPR/Cas9的基础上发展而来的,可特异性地抑制靶基因的转录而并非将基因knockout来实现调控。相比于knockout,CRISPRi能够在不同水平对靶基因进行剂量控制的敲减,是用于抑制内源性基因转录的强大工具。

当dCas9(没有切割活性的Cas9)被引导到靶基因的转录起始位点TSS(transcriptionstartsite)时,dCas9能够物理性阻碍RNA聚合酶的通过,导致基因沉默。同时dCas9融合了一个基因抑制结构域,如KRAB结构域,这样的蛋白称之为dCas9-KRAB,可以进一步提高转录抑制的效率。此外,dCas9也可以融合双抑制结构域KRAB-MeCP2,抑制效果更佳。

由于dCas9-KRABCRISPRi系统是在DNA水平抑制基因表达,因此适用于多种类型的基因,包括:mRNA、非编码RNA、反义转录本、核定位RNA以及聚合酶III转录本等基因的转录抑制等。

技术优势

不改变内源基因组背景、介导的敲低是可诱导且可逆、基因抑制效果可筛选、适用更多基因种类。

服务流程

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